О проекте
Научный руководитель проекта
Белоусов Вячеслав Юрьевич
кандидат биологических наук
Scopus Author ID: 58030218400
Researcher ID: AEK-7910-2022
ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1922-156X
Актуальность
ВОЗ призывает к глобальным действиям по борьбе с сепсисом - причиной каждой пятой смерти во всем мире. В первом глобальном отчете ВОЗ по сепсису делается вывод о том, что усилиям по борьбе с сепсисом препятствуют серьезные пробелы в научных и клинических знаниях, особенно в странах с низким и средним уровнем дохода, куда относится и Казахстан.
Основа патогенеза сепсиса до сих пор полностью не ясна, и включает в себя сложные системные воспалительные сетевые эффекты, полиморфизм генов, иммунную дисфункцию, аномальную свертываемость крови, повреждение тканей и аномальные реакции хозяина на различные инфекционные патогенные микроорганизмы и их токсины. Сепсис тесно связан с патофизиологическими изменениями многих систем и органов организма, и патогенез сепсиса все еще требует дальнейшего изучения. Данный факт осложняет поиск информативных биомаркеров, число которых в настоящее время исчисляется десятками и сотнями,
Цель
Сравнительный анализ транскриптома для определения биомаркеров и эндотипов сепсиса методом высокопроизводительного секвенирования (NGS RNA-seq). В результате реализации проекта, будет проведен сравнительный анализ транскриптома одновременно в образцах крови и мочи, в группах больных сепсисом и условно здоровых, с учетом вариантов тяжести заболевания и исходов сепсиса, включая выделение, идентификацию и антимикробную чувствительность возбудителя.
Ожидаемые и/или достигнутые результаты
Предполагается, что данные по анализу транскриптома, на основе экспрессии более 20 800 генов человека, включенных в базу данных RefSeq, с помощью NGS позволит обнаружить различия в профилях экспрессии изучаемых групп, а также подтвердить наличие характерных эндотипов сепсиса - предикторов риска осложнений и смертности, описанных в литературе. Полученные таким образом данные дифференциальной экспрессии генов (DEG) и эндотипов, в целом, поможет улучшить понимание молекулярных и клеточных процессов при сепсисе, а также позволит в перспективе использовать эти данные для отбора специфических биомаркеров, с целью последующего создания и использования диагностической тест-системы. Успешное завершение данного проекта послужит стимулом для более широкого внедрения и развития транскриптомых методов в различных областях не только медицины, но и смежных областях естественных наук в Республике Казахстан, а также послужит хорошей основой для подготовки специалистов данного профиля.
Информация для потенциальных пользователей
Впервые будет проведен сравнительный анализ транскриптома методом NGS в пробах венозной крови и мочи у больных сепсисом и контрольной группе условно здоровых пациентов, включая идентификацию возбудителя, его устойчивость к противомикробным препаратам; анализ дифференциальной экспрессии генов (DEG) в изучаемых образцах и группах; анализ корреляции экспрессии, с данными по идентификации и антимикробной чувствительности патогенов, тяжести и исхода заболевания, а также сравнение результатов DEG и эндотипов сепсиса с доступными литературными данными. Использование методов молекулярно-генетической диагностики, основанных на NGS RNA-seq, приведет не только к лучшему пониманию процессов возникновения и течения сепсиса, связанных с тяжестью заболевания и его исходами, но также позволит использовать полученные данные в практических целях, для создания быстрой, точной и не относительно не дорогой диагностической и предиктивной тест-системы на основе ПЦР.
Члены исследовательской группы
1. Сандыбаев Нурлан Тамамбаевич
к.б.н., профессор
Scopus Author ID: 37000362400
Researcher ID: AAO-4831-2021, M-7802-2015
ORCID: http://orcid.org/0000-0003-1814-2798
2. Лавриненко Алена Владимировна
PhD
Scopus Author ID: 57193763117
https://orcid.org/0000-0001-9436-8778
3. Строчков Виталий Михайлович
Scopus Author ID 37000312900
ORCID: http://orcid.org/0000-0003-3399-2942
4. Соломадин Максим Валерьевич
Researcher ID Web of Science GZB-1407-2022
http://orcid.org/0000-0003-4219-1055
5. Егоров Сергей Валентинович
PhD
ORCID: http://orcid.org/0000-0002-7136-7921
6. Айтпенов Талгат Батырович