Казахский государственный аграрный исследовательский университет был создан на базе двух известных вузов Казахстана – Алма-Атинского зооветеринарного института и Казахского сельскохозяйственного института, имеющих свою историю.
Алма-Атинский зооветеринарный институт
В 1929 году Постановлением Совнаркома РСФСР был создан Ветеринарный институт. Это было первое сельскохозяйственное и второе высшее учебное заведение Казахстана. Он располагался в здании бывшей Верненской мужской гимназии (ныне Айтеке би, 28). На базе ветеринарного института был создан Алма-Атинский зооветеринарный институт, в состав которого вошли кафедры зоологии, ботаники, физики и математики, неорганической и аналитической химии, физиологии сельскохозяйственных животных.
В организацию кафедр неоценимый вклад внесли видные ученые: профессор И. В. Сайкович (микробиология), профессор И. Г. Васильков (ботаника), профессор В. В. Авербург (гистология и эмбриология), профессор Б.А. Домбровский (анатомия), ученик академика И. П. Павлова профессор М. П. Калмыков (физиология животных), приехавший с группой преподавателей из Киева, приглашенный из Омска профессор Н. Л. Караваев (неорганическая и аналитическая химия), профессор В. А. Клер (зоология), профессор В.В. Келлерман (физика и математика) и многие другие.
Вскоре на основании решения Бюро Казкрайкома ВКП(б) Ветеринарный институт был реорганизован в Ветеринарно-зоотехнический институт. Первым директором Ветеринарного института был ученый-микробиолог И. В. Сайкович, а в последующем его возглавляли Л. М. Атаянц (1930–1932 гг.), С. Аргыншиев (1932–1933 гг.), М. Т. Юнусов (1933–1934 гг.), Е. В. Байгаскин (1934–1936 гг.), А. Ф. Антипенко (1936–1937 гг.), А. Я. Дзержинский (1946–1951 гг.), Ф. М. Мухамедгалиев (1951–1958 гг.), Г. К. Конакбаев (1958–1963 гг.), М. А. Ермеков (1963–1972 гг.), З. К. Кожебеков (1972–1983 гг.) и К. С. Сабденов (1983–1996 гг.).
В 1933 году институт был переименован в Алма-Атинский зооветеринарный институт. В его становлении и процветании большую роль сыграла и казахская интеллигенция, принимавшая самое активное участие в повышении престижа данного вуза. В ее рядах были: писатель с мировым именем, лауреат Ленинской премии, академик АН КазССР М. О. Ауэзов, преподававший русский и казахский языки, профессора А. А. Ермеков и Х. Н. Нурмухамедов, доценты М. Д. Жолдыбаев и Т. А. Ахметов, преподаватели М. Ж. Жиенкулов, С. Б. Бясалиев, Х. А. Абишев, Р. А. Букейханов, Б. А. Беремжанов, Т. К. Чумбалов, А. М. Габбасов, С. О. Омаров, К. Д. Дилимбетов и другие.
В институте читали лекции и вели исследования члены АН СССР, ВАСХНИЛ и АН КазССР (РК): академики С. Н. Вышелесский, В. А. Бальмонт, Д. А. Зыков, Ф. М. Мухамедкалиев, Н. У. Базанова, З. К. Кожебеков, члены-корреспонденты М. А. Ермеков, А. К. Росляков, А. М. Мурзамадиев, И. Н. Нечаев, М. М. Тойшибеков, Т. С. Сайдулдин.
В 1979 году за крупный вклад в подготовку специалистов Алма-Атинский зооветеринарный институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени.

Казахский сельскохозяйственный институт
Казахский сельскохозяйственный институт был организован в 1930 году. В его составе были два факультета: полеводческий и плодоовощной.
Первый выпуск состоялся в 1933 году – высшее образование получили 78 человек, из них – 51 агроном и 27 плодоовощеводов. Из 78 человек, завершивших учебу, 20 были казахами.
Большой вклад в становление и последующее развитие института внесли его руководители: директоры О. К. Жандосов (1930–1932 гг.), Х. Д. Чурин (1932– 1937 гг.), Н. М. Бекетов (1937–1939 гг.), С. С. Сыздыков (1939–1940 гг.), А. И. Сембаев (1940–1941 гг.), Д. А. Андриянов (1941–1943 гг.), А. Жуматов (1943–1959 гг.), А. И. Дорофеев (1960–1961 гг.), Е. Б. Тайбеков (1961– 1963 гг.) и ректоры Х. А. Арыстанбеков (1963–1981 гг.), Т. Т. Тазабеков (1981–1985 гг.), Б. П. Шах (1985–1992 гг.), Е. Ж. Жумабеков (1992–1996 гг.).
КазСХИ вошел в число крупнейших и ведущих сельскохозяйственных вузов СССР. В этом большая заслуга профессорско-преподавательского состава института. Особо следует отметить заслуги академиков Р. А. Елешева, С. Б. Байзакова, профессоров А. А. Ауэзова, А. К. Койшыбаева, М. Ж. Сабирова, Б. Д. Дюсенова, Ж. К. Коргасбаева и других, работавших в разные годы проректорами института по основной деятельности.
В 1971 году за крупный вклад в подготовку специалистов для сельского хозяйства Казахский сельскохозяйственный институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени.

Казахский государственный аграрный университет
В 1996 году на базе двух старейших вузов Казахстана – Алматинского зооветеринарного института и Казахского сельскохозяйственного института был образован Казахский государственный аграрный университет, ректором которого был назначен академик НАН РК К.А. Сагадиев

Казахский национальный аграрный университет
5 июля 2001 года Указом Президента Республики Казахстан Н. А. Назарбаева Казахскому государственному аграрному университету был присвоен особый статус, и университет стал Казахским национальным аграрным университетом. Это, в свою очередь, повысило его имидж и авторитет, усилило ответственность за подготовку квалифицированных специалистов.
В 2001 году ректором университета был назначен лауреат государственной премии в области науки и техники имени аль-Фараби, академик Т. И. Есполов.
Казахский национальный аграрный исследовательский университет
23 октября 2020 года Постановлением Правительства вузу был присвоен статус Казахского национального аграрного исследовательского университета.
В 2022 году ректором Казахского национального аграрного исследовательского университета был назначен доктор сельскохозяйственных наук, профессор, академик НАН РК А.К. Куришбаев.
Соответствуя своему статусу, Казахский национальный аграрный исследовательский университет твердо следует традиции: повышать качество подготовки специалистов сельского хозяйства, используя инновационные и передовые методы в учебном процессе.
Проводится планомерная работа по достижению мирового уровня образования, благодаря которой университет вошел в Европейское образовательное пространство, присоединился к Болонской Декларации, заключил соглашения о сотрудничестве со многими зарубежными вузами и т.д. Осуществлен переход университета на трехуровневую подготовку специалистов: бакалавр – магистр – доктор PhD, внедрена кредитная технология обучения. Разработана казахстанская модель исследовательского университета на примере КазНАИУ, которая рекомендована для системы высшего и послевузовского образования РК, а также для ведущих аграрных вузов СНГ.
С 2001 года вуз начал процесс интеграции образования, науки и производства. Для этого создан Аграрный научно-производственный консорциум «АгроДаму», который оказывает консалтинговые услуги сельским предпринимателям в 9 областях и 88 районах республики.
Также созданы Международная ассоциация «Агрообразование» и Малая академия, осуществляющие непрерывную систему аграрного образования.
В соответствии с постановлением Правительства Республики Казахстан № 226 от 14 апреля 2015 года Республиканское государственное предприятие на праве хозяйственного ведения «Казахский национальный аграрный университет» передан из ведения министерства образования и науки в ведение министерства сельского хозяйства Республики Казахстан. В соответствии с постановлением Правительства РК от 22 августа 2015 года № 659 РГП «КазНАУ» вошел в состав НАО «Национальный аграрный научно-образовательный центр» при МСХ РК и реорганизован в НАО со 100% участием государства в уставном капитале. Это дало возможность вузу получить академическую свободу, перейти к автономии, реализовать принципы самофинансирования, используя механизмы государственно-частного партнерства.
В университете создан Международный Агротехнологический хаб, миссией которого является поиск, привлечение и трансферт лучших инновационных технологий и новых знаний в АПК. В составе Агрохаба в настоящее время действуют: 4 научно-исследовательских института, 9 исследовательских лабораторий, 5 международных исследовательских центров.
В 2019 году созданы лаборатории микроклонального размножения растений, референтной лаборатории по молоку и Ситуационный центр, а также Казахстанско-Белорусский агроинженерный инновационный центр.
Научные исследования ученых университета направлены на обеспечение продовольственной безопасности в Казахстане.
В Международном исследовательском центре вакцинологии университета совместно с Национальным научным центром особо опасных инфекций, при поддержке зарубежных партнеров – Университета штата Огайо (США) и биотехнологической компании Vaxine (Австралия) созданы 2 вакцины против COVID-19: NARUVAX-C19 и NARUVAX-C19/Nano. Они включены в список Всемирной организации здравоохранения как перспективные вакцинные кандидаты против COVID-19.
В Казахстанско-Нидерландском исследовательском центре совместно с компанией Dutch Fruit Solutions создан интенсивный сад по голландской технологии. С этой компанией подписано соглашение о строительстве фруктохранилища.
В университете открыта референтная лаборатория, осуществляющая анализ качества молока и молочных продуктов, где сельские предприниматели могут получить сертификат качества произведенной продукции.
С целью консолидации усилий ученых-водников Казахстана и Центральной Азии для решения проблем эффективного управления водными ресурсами открыт Международный исследовательский центр – Водный хаб с 11 современными исследовательскими лабораториями.
В настоящее время университет сотрудничает со 140 ведущими вузами и научными центрами мира. Является членом 15 международных ассоциаций и организаций по высшему образованию и науке:
- GCHERA – Глобальный консорциум аграрных вузов и науки;
- Ассоциация Европейских университетов наук о жизни (ICA);
- Великая Хартия Университетов (Magna Charta Universitatum);
- Ассоциация университетов Вишеград;
- Международный форум Обсерватории IREG;
- Ассоциация Европейских вузов (EUA);
- Совет ректоров ведущих аграрных вузов стран-участниц СНГ;
- ISEKI-Food Association – Европейская ассоциация интеграции научных и инженерных знаний в области пищевых продуктов в пищевую цепочку;
- КАСКАД – Консорциум сельскохозяйственных университетов Центральной Азии и Южного Кавказа (CASCADE);
- Ассоциация университетов «Eurasia-Pacific Uninet» (Австрия);
- Ветстамбул групп (Vetistanbul Group);
- Инициатива Организации Объединенных Наций "Взаимодействие с академическими кругами (UNAI)";
- Международная сеть университетов ENTER NETWORK;
- Сеть Университетов Шелкового пути (SUN);
- Альянс Silkroad в области сельскохозяйственного образования, исследований и инноваций (SRAERIA).
В университете реализуется 11 программ двойного диплома с ведущими вузами-партнерами США, Европы, стран Тихоокеанского региона. Например, с Варшавским университетом Естественных наук (Польша) реализуется магистерская программа двойного диплома «Управление водными ресурсами с использованием IT-технологий».
В своем инновационном развитии университет ориентируется на опыт исследовательского университета Вагенинген (Нидерланды), который является вузом № 1 в мировом рейтинге QS по аграрным специальностям.
В ноябре 2019 года, во время поездки Правительственной делегации Казахстана во главе с Премьер-Министром РК Маминым А. У. в Королевство Нидерланды было подписано соглашение о сотрудничестве между нашими вузами о совместной подготовке специалистов в области сельского хозяйства. В университете создан Институт по работе с университетом Вагенинген, где с 2020-2021 учебного года на английском языке ведется подготовка студентов по двум образовательным программам: «Наука о растениях и технологиях», «Ветеринарно-пищевая безопасность и технологии». Реализация таких образовательных программ позволит готовить высококвалифицированных специалистов мирового уровня, конкурентоспособных на международной арене, и транслировать полученный опыт в другие вузы страны.
Активное участие в научных исследованиях принимают магистранты, докторанты, молодые ученые. Совет молодых ученых КазНАИУ стал лучшим советом молодых ученых Фонда Первого Президента среди вузов страны. По данным международной информационно-аналитической платформы Web of Science, в нынешнем году университет второй раз подряд стал обладателем независимой награды «Лидер по количеству публикаций в журналах Q1 и Q2 квартилей Web of Science Core Collection за последние 3 года среди аграрных университетов». Государственной премии в области науки и техники имени аль-Фараби удостоены 4 ведущих ученых, Государственных научных стипендий – 3, гранта Фонда Первого Президента – 1 молодой ученый университета. Это подтверждает эффективность выстроенной в университете школы молодых исследователей.
На XIV республиканском слете молодежных трудовых отрядов «Жасыл ел» университет получил звание «Лучшее учебное заведение»(2007 г.).
Вуз вступил в Лигу академической честности с целью повышения качества образования посредством внедрения принципов академической честности и нетерпимости к ее нарушениям.
В результате 10-летней трансформации 23 октября 2020 года принято постановление Правительства за №707 о придании вузу статуса национального исследовательского университета и утверждена «Программа развития Казахского национального аграрного исследовательского университета на 2020-2024 годы». Это накладывает большую ответственность и ставит новые задачи.
В настоящее время в Казахстанско-Корейском исследовательском центре, созданном 2021 году, проводятся тренинги для руководителей и специалистов, занимающихся выращиванием сельскохозяйственных культур в закрытом грунте. На базе учебного хозяйства введена в эксплуатацию «умная теплица».
В результате системной работы университет поднялся на достойное место в различных международных и национальных рейтингах. Особенно за последний год, сделав большой рывок, университет занял 481 место в мировом рейтинге университетов QS.
9 ноября 2022 года Казахский национальный аграрный исследовательский университет с рабочим визитом посетили президент-основатель QS Quacquarelli Symonds Нунцио Квакварелли и региональный директор QS в странах восточной Европы и Центральной Азии Сергей Христолюбов. Нунцио Квакварелли дал ряд рекомендаций по улучшению показателей КазНАИУ в мировом рейтинге посредством привлечения новых зарубежных вузов-партнеров, а также решения актуальных вопросов науки и технологий.
Также КазНАИУ посетили представители дипломатических миссий ряда стран, таких как Канада, США, Китай, Израиль, Венгрия, Королевство Нидерланды, Германия, Узбекистан.
18 апреля 2023 года проведена международная конференция на тему: «Биоразнообразие и экосистемные услуги как неотъемлемый компонент устойчивого развития». В конференции приняли участие посол Федеративной Республики Германии в РК Моника Иверсен, Председатель Комитета по аграрным вопросам Мажилиса Парламента РК Егизбаев Серик Рахметоллаулы, Представитель Департамента глобальных коммуникаций ООН Властемил Самек, ведущие специалисты и ученые из Казахстана, Кыргызстана и Китая. Акылбек Куришбаев предложил создать в Казахстане Национальный банк генетических ресурсов растений и животных с целью обеспечения продовольственной безопасности и устойчивого развития сельского хозяйства. Данную идею поддержала германская сторона и на данный момент отрабатываются вопросы финансирования создания генетического банка.
С 20 по 28 апреля 2023 года в Казахском национальном аграрном исследовательском университете с официальном визитом побывал Бруно Ансельм, профессор университета AgroParisTech (Франция), занимающего 3-е место в Европе и 4-е место в мире по сельскому, лесному хозяйству и биоэкономике.
Университет реализует образовательные программы по 56 образовательным программам бакалавриата, 3 – специального высшего образования, 89 – магистратуры и 21 – докторантуры PhD. На 6 факультетах, включающих 26 кафедр, обучаются около 7 тыс. человек, из них 449 магистрантов и 167 докторантов PhD, что составляет 15%. Доля обучающихся по государственным образовательным грантам составляет 56,8%.
Профессорско-преподавательский состав, осуществляющий подготовку кадров, насчитывает 666 человек, в составе которых: 7 академиков НАН РК, 75 докторов наук и 221 кандидат наук, 78 PhD доктора, 234 магистра и 58 преподавателей – с высшим академическим? образованием. Доля преподавателей с учеными степенями и званиями от числа штатных преподавателей составляет 55%.
За годы существования учебного заведения коллективом выпущено более 150 тыс. специалистов, которые внесли достойный вклад в развитие аграрного производства, образования и науки в республике. Среди них 2 Героя Советского Союза, 25 Героев Социалистического Труда, 70 депутатов Верховного Совета СССР и КазССР, Парламента РК, заслуженных работников и деятелей РК, министров, акимов областей и видных государственных служащих, свыше 11000 докторов и кандидатов наук.