AP19674808 Создание генетических паспортов и изучение генетики локальных Казахстанских пород крупного рогатого скота с использованием полногеномного секвенирования

О проекте

Актуальность
Развитие интенсивного животноводства основано на использовании небольшого числа высокопроизводительных пород, что ведет к постепенному вытеснению локальных пород животных из сельского хозяйства. Генетические исследования местных пород необходимы для разработки стратегии их сохранения и идентификации уникальных мутаций, которые ответственны за адаптацию к местным условиям среды и должны быть «перенесены» в более продуктивные породы для увеличения их производительности и полезного генетического разнообразия в новых условиях. Кроме того, изучение внутри- и межпородного генетического разнообразия позволяет оценить число генетических маркеров, необходимых для надежного предсказания племенных индексов животных-производителей. Исследования аборигенных пород способствуют идентификации биологических механизмов, которые позволили этим породам выжить и приспособиться к местным условиям среды. роект направлен на исследование популяционной структуры Казахстанских пород крупного рогатого скота, их генетического разнообразия, а также генетики их адаптации к местному климату с использованием технологии полногеномного секвенирования.

Цель
Целью настоящего проекта является: анализ популяционной структуры казахстанских пород КРС и поиск следов отбора у разных породах или групп пород; идентификация геномных локусов, вовлеченных в формирование внутри- и межвидовых адаптаций к климату. В ходе проекта с помощью технологий высокопроизводительного секвенирования у крупного рогатого скота планируется изучить вариабельность геномов по большому числу SNP маркеров, представляющих практически весь геном. Анализ полученной информации позволит оценить генетические характеристики изученных популяций (неравновесие по сцеплению, разнообразие гаплотипов, генетическую дифференциацию популяций и др.), а также установить локусы и генетические маркеры в них, находящиеся под действием отбора.

Ожидаемые и достигнутые результаты
В рамках данного проекта впервые будут получены результаты полногеномного секвенирования пяти локальных пород крупного рогатого скота Казахстана: аулиеатинской, аулиекольской, алатауской, калмыцкой, казахской белоголовой будут созданы генетические паспорта  этих пород, определены конкретные генетические варианты, влияющие на экономически-важные и адаптационные признаки этих пород. Результаты секвенирования будут использоваться в селекционной и племенной работе. Будут выявлены оригинальные, характерные только для отечественных пород SNP, инсерции, делеции, будет изучено влияние этих генетических маркеров на хозяйственно-полезные признаки изучаемых популяций. Полученные в ходе проекта данные секвенирования будут депонированы в базы данных NCBI TraceArchive,  - dbSNP и другие. Эти данные послужат основой для дальнейшего изучения пород КРС из Казахстана, которое, с нашей стороны, будет включать создание референсных геномов для наиболее уникальных с точки зрения генетики пород и изучение влияния мутаций, определенных в ходе данной работы, на экспрессию генов, выявление eQTL и других элементов генома, определяющих уникальность наших пород.

Информация для потенциальных пользователей
Проект имеет коммерческий потенциал, поскольку создание генетических паспортов позволяет ускорить темпы селекционной работы в молочном и мясном скотоводстве.

Члены исследовательской группы
Ларкин Денис 
https://orcid.org/0000-0001-7859-6201

Хамзина Айгерим Кадыржанкызы 
Уч.степень, звание: магистр сельскохозяйственных наук
https://orcid.org/0000-0003-2211-0377

Махмутов Абзал Касенович 
Уч.степень, звание: - кандидат ветеринарных наук, ассоцированный профессор
https://orcid.org/0000-0002-0230-0045

Тургумбеков Асет Абдымаратович 
магистр ветеринарных наук
https://orcid.org/0000-0002-0230-0045

Касымбекова Шынара Николаевна 
Уч.степень, звание: кандидат ветеринарных наук
ID  в Scopus 57202643050
https://orcid.org/0000-0003-2992-8817

Муслимова Жадыра Умирбеккызы 
Уч.степень, звание:  магистр сельскохозяйственных наук
https://orcid.org/0000-0003-3485-7240

Багдат Айгерим Багдаткызы
Уч.степень, звание: PhD доктор
https://orcid.org/0000-0001-9825-6132

Джнусова Райхан Жексенбаевана
Уч.степень, звание: магистр ветеринарных наук
https://doi.org/10.32014/2019.2518-1467.65

Сериков Алмас Есенгалиулы
Уч.степень, звание:  магистр биологических наук
https://orcid.org/0000-0002-4686-8978

Контакты