Ғылыми және оқу базасын қамтамасыз ету, ғылыми-зерттеу жұмыстарының тиімділігін арттыру, биотехнология, нанотехнология және жаңа материалдар,  жаңа агротехнология,  генді-молекулярлық және басқа да маңызды стратегиялық ғылыми-техникалық басым бағыттарды іске асыру және қолдау, халықаралық бағдарламалар бойынша біріккен зерттеулер жүргізу мақсатында Жапонияның «JEOL» және «Shimadzu» концерндерімен жасалған Меморандум негізінде Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университетінде 2010 жылдың 1 шілдесінде «Қазақстан-Жапон инновациялық орталығы» құрылды.
Қазақстан-Жапон инновациялық орталығы (ҚЖИО) университеттің құрылымдық бөлімі болып табылады. Ол ғалымдарды ғылыми және оқу базасымен қамтамасыз етуді, ғылыми-зерттеу жұмыстарының тиімділігін жоғарылатуды, мекемелер мен ұйымдарға нано- және биоотехнология, жаңа агротехнология, материалтану, минералдық ресурстар және басқа да ғылыми-технологиялық тұрғыдағы стратегиялық маңызды бағыттарды, оқу клиникалық және магистранттарды, докторанттарды, университет студенттерін тәжірибе тұрғысынан дайындау салалары бойынша инновациялық жобаларды ұсынуды және өндіріске еңдіруді жүзеге асырады.
ҚЖИО 2010 жылдың қыркүйек айында Қазақ ұлттық аграрлық университетінің 80 жылдығына Қазақстан Республикасының Президенті Н.Ә. Назарбаев келген уақытында ашылды. Орталық заманауый қондырғылар  мен микробиологиялық, биохимиялық және генетикалық зерттеулер аумағындағы жүргізетін тұйықталған циклдегі   қондырғылармен жабдықталған.

Инженерлік бейінді «Электронды микроскопия» зертханасы
«Электронды микроскопия» инженерлік бейінді зертханасы (ИБЗ) ҚР БҒМ 2009 ж.  23 ақпан  №58 бұйрығына сәйкес Университет Ректораты шешімімен құрылды. «Электронды микроскопия» ИБЗ бейорганикалық және биологиялық нысандарды электронды-микроскопиялық зерттеуден өткізеді.
«Электронды микроскопия» ИБЗ Қазақстан-Жапон инновациялық орталығы құрамында 2015 ж. Ұлттық Акредитация Орталығында ISO/IES 17025:2007 «Сынау және калибрлеу зертханаларының құзыреттілігіне қойылатын жалпы талаптар» халықаралық стандартына сай аккредитациядан сәтті өтті. Аккредитациялау аттестаты № KZ.И.02.1624.

Азық-түлік және экологиялық қауіпсіздік зертханасы
Азық-түлік және экологиялық қауіпсіздік зертханасы биологиялық және бейорганикалық, тағамдық және экологиялық нысандарды зерттеуді жүзеге асырады. Зертхананың спектрометриялық, хромотографиялық құрал-жабдықтары ауылшаруашылық шикізаттары мен өнімдерінің сапа және қауіпсіздік көрсеткіштерін және химиялық талдауларын Ұлттық және әлемдік стандарттарға сәйкес  жүргізуге мүмкіндік береді. Зертханада жүргізілетін зерттеу жұмыстары Кедендік Одақтың техникалық регламентінің талаптарына сай жүргізіледі.

Жасыл биотехнология және клеткалық инженерия зертханасы
Жасыл биотехнология және клеткалық инженерия зертханасы жануарлардың инфекциялық ауруларын ветеринариялық балау және биоқауіпсіздік салаларында, жануарлар қан сарысуын иммундыферментті талдау, гематологиялық және биохимиялық,  молекулярлық-генетикалық зерттеулерді (ПТР) қоса алғанда зертханалық сараптаудың  қазіргі әдістері мен тәсілдерін жетілдіру жұмыстары бойынша зерттеулер жүргізеді. ПТР вирустық және бактериялық ауруларды анықтау, аса қауіпті аурулардың латенттік түрлерін анықтау, генетикалық өзгерістерді тудыратын аурулар, мутацияларды, гендік экспрессияны, бірнуклеотидтік полиморфизмді, гендердің көшірімділігін, зардапты бөлшектер мен ГМО сандық бағалау сияқты ғылыми тапсырмаларды шешуге мүмкіндік береді.

Микробиологиялық қауіпсіздік зертханасы
Микробиологиялық зертханасының толық жұмыс істеуі  үшін  жеке коллекциялық микроорганизмдер тобы бар: Bacillus cereus B-0364 штамы, Bacillus Mycoides B-0365, Bacillus Subtilis B-0366, Micrococcus flavus B-0367, Micrococcus luteus 9341 B-0368 ММ «Ұлттық референция және мониторинг орталығында,ветеринариялық зертханалық диагностика және әдістеме орталығында сақталуда. «ҚР АШМ АӨК зертханада КР» «Ұлттық топта  микроорганизмдер штаммдары сақталған», түрлі субстрат арқылы антибиотиктердің қалдықтарын анықтау, сондай-ақ қоздырғыштарды идентификациялау үшін микроорганизмдердің бірқатар штаммдары сақталған.