Научно-исследовательский институт «Агроинновация и экология» (НИИАиЭ), как структурное подразделение Казахского Национального аграрного исследовательского университета создан на основании приказа Министерства образования и науки Республики Казахстан № 10578 от 8 ноября 2000 г. и приказом по Казгосагру № ОП 222 от 14 ноября 2000 г.
Целью и задачами института являются – выполнение прикладных и фундаментальных исследований, в области земледелия, растениеводства, почвоведения, агрохимии, охраны окружающей среды, плодоовощеводства, селекции, генетики, биотехнологии и защиты растений;
- участие в выполнении межрегиональных и международных научных проектах по приоритетным проблемам агропромышленного комплекса;
- экспертиза качества научных проектов и программ, а также статей, представляемых для издания в республиканские и международные журналы;
- рассмотрение и утверждение ежегодных тем диссертационных работ докторов РhD с учетом профилей специальности, а также рекомендуемые к публичной защите;
- организация научных конференции, выпуск рекомендаций по результатам завершенных научных проектов и проведение дней поля;
- рекомендация молодых ученых для участия в конкурсах на именные стипендии.
За последние годы учеными института выполнены более 20-ти проектов по заданиям МСХ РК и проектов по МОН РК, а также хоздоговорных работ с хозяйствующими субъектами, с ежегодным объемом финансирования от 116 до 135 млн.тенге. Общий объем внедренных научных проектов на сумму более 168 млн.тенге.
За отмеченный период издано 12 монографий, опубликовано более 700 научных статьей, 30 рекомендации, получено 7 авторских свидетельств (патенты и предпатенты), а также защищены 18 кандидатов, 6 докторов и 38 PhD докторов.
По инициативе НИИ Агроинновации и экологии организованы проведение пяти международных конференций (2008 г., 2011 г., 2013 г., 2018 г., 2019 г.) с участием ученых ближнего и дальнего зарубежья.
На республиканских и международных конференциях участвовали более 100 сотрудников.
 
На базе УПХ «Агроуниверситет» в Енбекшиказахском районе Алматинской области в селе Саймасай создан «Агротехнопарк»
Сотрудниками кафедры Агрономии на площади 16 га посеяны 12 видов и 24 отечественных и зарубежных сортов сельскохозяйственных культур.
 

 
В 2020 году на базе учебно-опытного хозяйства «Байбулак» ППС кафедрой ПВиО заложен молодой сад (плодовые и ягодные) по лучшим сортам Королевства Нидерландов.
  

 
По результатам селекционных исследований в 2019 году впервые в истории КазНАУ были переданы в Государственную комиссию по сортовым испытаниям сельскохозяйственных культур 4 новых сортов (GSI):
1 - картофель («КазНАУ-90» );
1 - томат («Коркем»);
1 – сладкий перец («Сафия»);
1 - салат («Нежный»).
  

 
Для фермерских и крестьянских хозяйств регулярно организовываются полевые семинары, круглые столы в целях пропаганды внедрения завершенных исследований в производство, некоторые из них:
«Технология получения двух урожаев в год на юго-востоке Казахстана», руководитель проекта: д.с.-х.н., профессор Атакулов Т.А.
Гидротермические условия южных и юго-восточных регионов Казахстана вполне пригодны для выращивания двух урожаев культур в год. Как показали многочисленные опыты научно-исследовательских учреждений Казахстана, выращивание двух урожаев в год на одной и той же площади при правильном подборе основной (первой) и повторной (второй) культуры не приводит к снижению плодородия почвы, позволяет интенсивно использовать орошаемую пашню для производства максимума продукции с единицы площади. Однако на практике выращивание второй культуры не находит должного применения у фермеров, хотя после уборки озимой пшеницы и ячменя остается достаточно много времени (90-120 дней) для получения урожая второй – пожнивной культуры.
Разработка и внедрение подобной технологии может стать наиболее эффективным приемом диверсификации растениеводства на юге и юго-востоке Казахстана и резкого повышения продуктивности орошаемой пашни.
Одним из резервов при диверсификации растениеводства в южных и юго-восточных регионах может стать возделывание в повторных посевах кукурузы, рапса, горчицы, суданской травы и др. культур. При правильном подборе сортов и своевременном получении дружных всходов эти культуры могут дать гарантированный полноценный урожай при пожнивных посевах. Производство дополнительной продукции за счет второго урожая пожнивных культур может стать важным источником пополнения кормовой базы животноводства – приоритетного в последние годы направления развития сельского хозяйства страны.
 

 
«Инновационные технологии сушки плодов, ягод и овощей в гелиосушилках», руководитель проекта: к.с.-х.н., доцент Тажибаев Т.С.
Создана новая более мобильная конструкция гелиосушки, обеспечивающая оптимальную температуру и циркуляцию воздуха за счет солнечной энергии, взамен высокоэнергозатратным технологиям.
Технология сушки за счет использования солнечной энергии снижает себестоимость плодово-ягодных культур на 18-20%, обеспечивает высокое их качества увеличивая прибыль до 20-50 тыс.тг/т.
 

 
 «Внедрение технологии производства скороплодного, стрессоустойчивого посадочного материала плодовых культур контролируемого качества», руководитель проекта: д.с.-х.н., профессор Олейченко С.Н., соруководитель к.с.-х.н. Есеналиева М.Д.
Адаптирована Голландская технология применительно к условиям юга, юго-востока Казахстана, включающая проведение зимней прививки, формирования кроны скороплодных деревьев в питомнике, а также выращиванием саженцев с закрытой корневой системой. Данная технология обеспечит производство скороплодного, стрессоустойчивого посадочного материала плодовых культур контролируемым качеством.
 
По предлагаемой технологии сроки получения урожая плодовых культур по сравнению с традиционным методом сокращается на 2 года, при этом обеспечивается выход товарной продукции высокого качества.
 

 
«Технология выращивания винограда в соответствии с адаптированной европейской моделью», руководитель проекта: д.с.-х-н., профессор Олейченко С.Н.
Адаптирована Европейская модель выращивания технических сортов винограда применительно к почвенно-климатическим условиям юга и юго-востока Казахстана. Суть технологии – внедрение нового комбинированного способа формирования технических сортов винограда, на основе нормирования количества глазков и побегов, путем обрезки, обломки с последующей чеканки побегов.
 

 
Новый комбинированный способ обеспечивает получение урожая винограда технических сортов от 200 до 300 центнеров с 1 гектара, отвечающим требованиям ГОСТа к винным сортам; который при технологической переработке обеспечивает получение элитных казахстанских вин, отвечающим требованиям Евростандарта.
 
«Разработать информационную систему мониторинга и оценки деградированных пастбищ Республики Казахстан, обеспечивающая эффективное управление их восстановлением», руководитель программы д.с.-х.н., профессор Калдыбаев С.
На основании проведенных исследований за 2018-2020 годы, было разработана геоинформационная карта деградированных пастбищ Казахстана с различными степенями деградации. 
На базе программного обеспечения Arcgis была разработана интерактивная онлайн карта, в которую были интегрированы изученные состояния почвенных и биологических индикаторов на деградированных пастбищных угодьях в пустынной, предгорной полупустынной (вертикальная), полупустынной (широтная), сухостепной, степной и лесостепной зонах осуществлялось на базовых точках, по маршруту: Лепсы, Коксу, Коскудык и Айдарлы в Алматинской области; Жамбыл, Мойынкум и Аккол в Жамбылской области; пески Кызылкумы в Кызылординской и Туркестанской областях; Гульшат, Акшатау, Аксу-Аюлы и Атасу в Карагандинской области; Жалгызтау и Фурманово в Костанайской области; Тасты-Талды и Приречный в Акмолинской области; Калкаман и Акку (Лебяжье) в Павлодарской области; Шар и Жангызтобе в Восточно-Казахстанской области; Тасмола и Алмазное в Западно-Казахстанской области; Мартук и Хлебодаровка в Актюбинской области; Адай и Перелески в Костанайской области; Андреевка в Северо-Казахстанской области; Атамекен и Бозайгыр в Акмолинской области; Юбилейный и Песчаное в Павлодарской области; Семеновка и Куршим в Восточно-Казахстанской области, всего 32 мониторинговых площадок в 12-и областях с определением степеней деградации пастбищ на каждой из мониторинговых площадок. ArcGIS - это система, позволяющая работать с онлайн-картами и связанной географической информацией.
 
 

Геоинформационная карта деградированных пастбищ РК с различными степенями деградации и мероприятия по их управлению  
  

25 сентября 2020 года на кафедре Почвоведения и агрохимии факультета Агробиологии, была открыта научно-исследовательская лаборатория им. Р.Елешева – доктора сельскохозяйственных наук, профессора, академика НАН РК и РАН. В данной лаборатории будут выполняться почвенные и агрохимические исследования магистрантов и PhD докторантов КазНАУ. 
 
Ученые НИИ АиЭ имеют тесную международную связь с зарубежными странами, вузами стран ближнего и дальнего зарубежья.
В 2019 году принимали участие в г. Пекине на VIII заседании Китайско-Казахстанской Подкомиссии по научно-техническому сотрудничеству в составе которой были Жакыпова Ф.Н. – вице-министр МОН РК; Журинов М.Ж. – президент НАН РК и др. а с Китайской стороны Хуан Вэй – заместитель министра науки и техники КНР.
С Институтом охраны почв и воды академии наук Китая намечается научно-исследовательский проект «Оценка эрозии почв и региональные меры по сохранению, инициированные академией Наук Китая».
 
 
Тесное сотрудничество ведется с учеными плодоводами Королевства Нидерландов, в результате создан Казахстанско-Нидерландский сад в учхозе Байбулак Енбекшиказахского района Алматинской области.