Исследования ученых университета оказали большое влияние на развитие науки и производства во всех областях сельского хозяйства Республики Казахстана.  За всю историю  университета,  учеными  

КазНАИУ для развития аграрного сектора страны сделано следующее:
- на государственное сортоиспытание переданы многочисленные сорта сельскохозяйственных и других культур;
- разработаны и усовершенствованы агротехнологии по возделыванию основных видов сельскохозяйственных культур;
- разработаны технологии переработки и хранения сельскохозяйственной продукции;
- разработаны рецептуры продуктов питания и комбикормов;
- выведены и апробированы породы, линии и типы сельскохозяйственных животных и птиц;
- разработаны технологии содержания и кормления сельскохозяйственных животных, птиц и рыб;
- разработаны вакцины, диагностикумы и лечебные препараты;
- усовершенствованы системы машин и компонентов зерноуборочной техники, ветро-, гидро -, гелио - и биогазоустановок;
- внедрены научно-обоснованные системы ведения лесного хозяйства и рекомендации по повышению биологической противопожарной устойчивости сосновых культур.

В области экономики агропромышленного комплекса предложены  рекомендации:
- по формированию средних и крупных сельхозформирований, интегрированных объединений;
- механизмы стимулирования эффективного использования земельных и водных ресурсов и формирования рыночной социально-экономической инфраструктуры сельского хозяйства с учетом региональных особенностей и традиций населения, регулирования ценообразования и совершенствования других регуляторов развития аграрной экономики;
- разработана концепция формирования эффективной рыночной системы в аграрном секторе экономики РК, служащей основой ускоренного индустриально-инновационного развития АПК РК.

Для достижения высоких научных результатов,  а также для оказания услуг сельскохозяйственным товаропроизводителям и предприятиям машиностроительной, перерабатывающей и пищевой промышленности в  университете сформирована эффективная научно-исследовательская инфраструктура, в состав которой входят:
 научно-исследовательские  институты:

• Научно-исследовательский институт Агроинновации и экологии;

- Научно-исследовательский институт Водных проблем и мелиорации земель

• Лесной научно-инновационный институт;
• Научно-исследовательский институт Консалтинговый институт агробизнеса;
• Научно-исследовательский институт Ветеринарной медицины, фармации и санитарии;
• Научно-исследовательский институт   Животноводства и биоресурсов;
• Международные НИИ Агроинженерии, энергообеспечении и IT-технологии в АПК;

В настоящее время с целью дальнейшего развития научной инфраструктуры, координации и совершенствования в университете функционируют  международных, инновационных центров и лабораторий:

• Агротехнологический Хаб;
• Казахстанско-Японский инновационный центр;
• Водный инновационный центр (Водный ХАБ);
• Научно-образовательный инновационный центр технологии и качества пищевых продуктов;
• Центр устойчивого земледелия;
• Казахстанско-Корейский центр;
• Казахстанско-Белорусский инновационный агроинженерный центр;
• Научно-исследовательский центр «Садоводство и овощеводство»;
• Казахстанско-Нидерландский центр «Интенсивный сад»;
• Международный инновационный центр вакцинологии;
• Учебно-опытное хозяйство "Агроуниверситет";
• Инновационная теплица;

- Научно-образовательный центр в состав которого, входят лаборатории технической микробиологии; технологии качество и безопасность пищевых продуктов; по физико-химическим и реологическим свойствам продуктов питания; комплексного анализа почв и окружающей среды;
- Центр устойчивого земледелия.
В области  интеграции университет сотрудничает и ведет  совместные исследования  с вузами и научными институтами дальнего и ближнего зарубежья, а также с вузами и научно-исследовательскими институтами Министерства cельского хозяйства и Министерства образования науки Республики Казахстан.

С зарубежными научными институтами выполняются  следующие научные проекты:
1.  Университет Шыхыцзы, СУАР КНР:  
«Определение и создание базы данных по молекулярным свойствам и генетическому коду ДНК клещей и клещевых болезней в приграничных районах Китая и Казахстана»
2. Ланджоуский научно-исследовательский ветеринарный институт (ЛНИВИ), г. Ланджоу, КНР 
Реализация проекта: «Совместное создание и применение новых продуктов для профилактики и борьбы с основными трансграничными болезнями животных»
3. Французская компания Seppic 
Реализован проект : «Испытание безопасности и протективности новой векторной вакцины против бруцеллеза крупного рогатого скота, содержащей 20%-ный адъювант Montanide Gel01 (Seppic, France), на различных половозрастных группах крупного рогатого скота».
4. Нидерландская компания ГЧП «Голландские Фруктовые Решения Казахстана».
В учебно-опытном хозяйстве Казахского национального аграрного исследовательского университета в рамках Меморандума о сотрудничестве с Нидерландской компанией Dutch Fruit Solutions Kazakhstan был заложен демонстрационный участок плодовых и ягодных культур для демонстрации современных инноваций в области устойчивого развития плодоводства, с использованием новых сортов и подвоев, эффективных производственных систем и новых технологий. В закладке демонстрационного участка принимал участие Посол Королевства Нидерландов в Республике Казахстан господин Андре Карстенс.
  Сад заложен сертифицированным посадочным материалом более 40 перспективных сортов яблони, груши, сливы, черешни, земляники, красной смородины, новых для Казахстана культур голубики и аспарагуса из всемирно известных голландских питомников Verbeek, Fleuren, De Kemp Av, Fall Creek, Geerlofs.
5. Фонд коммерциализации и внедрения сельскохозяйственных технологий Республики Корея.
Согласовано проект инвестиций финансового средства в объеме 1,5 млн. долларов США на строительство в 2021 г. «умной» теплицы по инновационной южнокорейской технологии площадью 10 000 м2 (1 га) на базе Казахского национального аграрного университета. Строительство «умной» теплицы для демонстрации новых передовых тепличных технологий имеет большое значение для подготовки молодых кадров (бакалавров, магистрантов и докторантов) и обучения специалистов тепличных хозяйств и передачи знаний по овощеводству защищенного грунта. 

КазНАИУ успешно выполняет совместные научные исследования с:
1. КазНИИ животноводства и кормопроизводства
2. КазНИИ ветеринарным институтом
3. КазНИИ почвоведения и агрохимии им.У.Успанова
4. КазНИИ лесного хозяйства и агролесомелиорации
5. КазНИИ земледелия и растениеводства
6. КазНИИ плодоовощеводства и виноградарства
7. КазНИИ рыбного хозяйства
 
 А также успешно выполняются совместные научные исследования с:

1. Казахским НИИ животноводства и кормопроизводства по проекту:
- «Разработка системы управления селекционным процессом и его интенсификация в мясном скотоводстве»;
- «Разработка системы управления селекционным  процессом и его интенсификация в овцеводстве и козоводстве»;
- «Разработка интенсивных технологий в мясном скотоводстве»;
- «Разработка интенсивных технологий в молочном скотоводстве»;
- «Разработка системы управления селекционным процессом и его интенсификация в молочном скотоводстве».
2. Казахским НИИ ветеринарным институтом по проекту:
- «Разработка эпизоотических показателей для проведения мониторинга особо опасных, зооантропонозных и эмерджентных инфекций (ящур, бешенство, болезнь Шмалленберга, бютанг, сибирская язва) и зонирования территории РК по степени напряженности эпизоотической ситуации» на сумму 20,0 млн.тг.
3. Казахским НИИ почвоведения и агрохимии им.У.Успанова по проекту:
- «Воспроизводства плодородия почв и повышения продуктивности культур коротко ротационного кормового севооборота на основе комплексного применения удобрений и  биопрепаратов, а также  эффективные приемы применения удобрений содержащих серу под зерновые и кормовые культуры.
4.  Казахским НИИ лесного хозяйства по проекту :
- «Комплексная экономическая оценку лесных ресурсов и экосистемных услуг лесов (на примере Акмолинской области)».
5. Казахским НИИ земледелия и растениеводства по проекту:
- «Агробиологические и агромелиоративные приемы улучшения деградированных орошаемых земель юго-востока Казахстана».
6. Казахским НИИ плодоовощеводства и виноградарства по проекту:
- «Повышение продуктивности интенсивных садов и ягодников на основе скороплодных, стрессоустоичивых саженцев отвечающих требованиям европейских стандартов и полученных с использованием методики Книп-Баум, Tray и Plug технологий, капельного орошения и безопорной конструкции насаждений».
7. Казахским НИИ рыбного хозяйства по проекту:
- «Ихтиопатологическая и микробиологическая оценка ценных видов рыб, выращиваемых на базовых рыбоводных условиях».

ДЕЙСТВУЮЩИЕ ПРОЕКТЫ ПО  ГРАНТОВОМУ ФИНАНСИРОВАНИЮ
КАЗАХСКОГО НАЦИОНАЛЬНОГО АГРАРНОГО ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКОГО  УНИВЕРСИТЕТА